Тема: Поездка весной в Японию.

Хочу поехать так: прилетаю в Нариту в Токио - еду в Киото (пробуду пять дней): первый день на Нару, потом можно на Осаку (Химедзи) и три дня конкретно на Киото – потом еду в Токио (около трех дней там).
Для начала меня интересует проблема транспорта... Как, что, где?

Ну так и смотрите самый подходящий по времени/цене маршрут. Я поеду весной, из Нариты прямо в Киото. Рекомендую Вам устроить по-другому. Сперва посмотрите отрезок Narita - Shinagawa (станция находится в Токио, оттуда отправляется поезд в Киото), а потом - Shinagawa - Kyoto (а конкретнее Kyoto station).
И возьмите JR Pass на неделю, что-то сэкономите, да и проще будет.

Одно только, мне не очень ясно, зачем все едут до Шинагавы, я думаю, пересадка на Токио попроще будет. Но это вам выбирать, можете и так, и эдак.
Короче, не надо волноваться, поскольку билет вам дадут самый лучший по стыковке и все растолкуют.

Для того чтобы выяснить, необходим ли JR Pass, весьма неплоха гипердия. Запишите туда все главные поездки (Токио - Киото, Киото – Осака и прочие) и взгляните, что выйдет по деньгам. У вас , думаю, окупится, но надо точнее считать.
Ну и сайт, где все пишется (где, как доехать, сколько обходится) это , конечно, japan-guide.com.