Прилетаю в Пафос.

Мучаюсь над таким маршрутом:
Прибытие в Пафос (с заблаговременно обретенной визой).
Собираюсь на греческую часть Кипра. Перебираюсь на турецкую часть и там уже полечу в Стамбул.
Могут ли появиться проблемы с въездом либо выездом?

Ну, тогда у вас не будет печати о выезде с Кипра. Если собираетесь потом посещать Кипр, то это уже, по какой визе - если по шенгенской, то , наверно, никто на границе в ваши печати вдумываться не станет, а если станете подавать на визу Кипра, то, вероятно, у них появится вопрос, где ваш штамп выезда.

Расскажите ещё, где близко от Айа-Напы получится интересные старинные крепости в горах осмотреть?
И как оттуда наиболее быстро получится на территорию Северного Кипра угодить.
Неплохо хоть одним глазком увидеть.

Немножко на Фамагусту (это оккупированное место) можете в бинокль посмотреть со площадки осмотра в Деринее.
Там имеется и пункт пропуска, но кажется, он типа, как закрыт. Работающий расположен неподалёку. Страховка на автомобиль типа, как не действует на севере.